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    首頁 / 科研優勢 / 水生生物大數據

    千種魚類轉錄組項目

    千種魚類轉錄組項目(Transcriptomes of 1,000 Fishes, Fish-T1K)旨在完成1,000種魚類的轉錄組建庫、測序、組裝和分析。迄今,該項目已吸引了來自7個不同國家、25家知名機構院所的40個專家學者的積極參與,專業涉及魚類生理學、分類學、基因組學、生物信息學、分子生物學等多個領域。Fish-T1K已規范收集和保存了高質量樣本8,000 多份,涵蓋硬骨魚類59個目(總68個目,占86.76%),183個科(總398個科,占 45.98%),已完成其中300余份樣品的轉錄組測序和組裝。

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    圖1. 魚類“生命之樹”

    魚類系統演化是Fish-T1K最重要的子課題之一。 2018年,Fish-T1K項目團隊達到“覆蓋所有目”的一期目標,共收集到303種魚類物種的組學數據,囊括了所有硬骨魚72個目中的66個,占總分類單元的91.66%。大數據整合了144種魚類的基因組數據和159種魚類的轉錄組數據,篩選出1,105個直系同源的外顯子序列作為分子標記,構建了迄今為止最可靠的魚類系統演化樹(圖1),成為Fish-T1K項目的里程碑事件。

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    圖2. 三種淡水河魟毒素的比較轉錄組分析

    Fish-T1K在另一重要子課題——有毒魚類的毒素進化研究,也取得重要進展。在項目執行的7年時間里,項目組先后從黃顙魚、淡水河魟、玫瑰毒鲉等多種有毒魚類中高通量的挖掘到毒素多肽百余條(圖2)。后續我們將通過蛋白質譜、小肽化學合成等實驗技術手段對挖掘到的毒素肽進行初步的活性驗證,為海洋新型藥物研發提供大數據支撐。

    有關Fish-T1K更多子課題的相關信息及數據庫檢索,歡迎訪問Fish-T1K官方網站 https://db.cngb.org/fisht1k/。

    聯系我們

    fisht1k@genomics.cn

    huangyu@genomics.cn

    shiqiong@genomics.cn

    參考文獻

    1.Sun Y., Huang Y., Li X., Baldwin C.C., Zhou Z., Yan Z., Crandall K.A., Zhang Y., Zhao X., Wang M., Wong A., Fang C., Zhang X., Huang H., Lopez J.V., Kilfoyle K., Zhang Y., Orti G., Venkatesh B., Shi Q. Fish-T1K (Transcriptomes of 1,000 Fishes) project: large-scale transcriptome data for fish evolution studies. GigaScience, 2016, 5(1):18.

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    6.Xie B., Li X., Lin Z., Ruan Z., Wang M., Liu J., Tong T., Li J., Huang Y., Wen B., Sun Y., Shi Q. Prediction of toxin genes from Chinese yellow catfish based on transcriptomic and proteomic sequencing. International Journal of Molecular Sciences, 2016, 17(4):556.